Izvršni organ Skupštine i Predsjedništva Bošnjačke akademije nauka i umjetnosti je Upravni odbor, koji čine predsjednik Senata i dva člana koje imenuje Skupština iz reda svojih članova. Odbor izvršava odluke i zaključke Predsedništva i Skupštine Bošnjačke akademije i obavlja sve tekuće poslove i poslove za koje ga Predsedništvo ovlasti. Učestvuje u pripremi i predlaganju nacrta izmjena i dopuna Statuta te drugih akata koje donosi Skupština, provodi politiku, zaključke i druge akte koje donosi Skupština, prati i usmjerava pravilnu raspodjelu financijskih sredstava i imovine BANU-a, podnosi prijedloge odluka i zaključaka Predsjedništvu i Skupštini, te odlučuje o pitanjima iz svoje nadležnosti, koja su propisana Statutom, te općim aktima BANU-a ili odlukama Skupštine i Predsjedništva.