Najviši organ upravljanja Bošnjačke akademije nauka i umjetnosti je Skupština, koju čine svi redovni i izabrani predstavnik dopisnih članova Akademije. Skupština zasjeda po potrebi, a najmanje jednom godišnje. Može imati formu redovne, vanredne ili izborne Skupštine. U njezin djelokrug rada i odlučivanja ulaze sljedeći poslovi: donosi Statut BANU-a i odlučuje o njegovim izmjenama i dopunama, utvrđuje program rada Akademije, utvrđuje prijedlog programa naučnoistraživačkog i umjetničkoistraživačkog rada u skladu sa zakonom kojim se uređuje naučnoistraživačka i umjetničkoistraživačka djelatnost, utvrđuje Program rada za određeni period i raspravlja o njegovom izvršenju u proteklom period, daje smjernice za dalji rad, a posebno donosi odluku o pripajanju, razdvajanju, transformaciji, prestanku rada i drugim statusnim promjenama, raspravlja o pitanjima od posebnog značaja za Akademiju i odlučuje o njima, bira članove Akademije, bira i razrješava predsjednika, potpredsjednike, generalnog sekretara i članove Predsjedništva, potvrđuje izbor predsjednika BANU-a, te obavlja i druge poslove utvrđene zakonom i Statutom BANU-a, a koji nisu u nadležnosti drugih organa utvrđenih Statutom.