U relativno skromnom trinaest godišnjem djelovanju Akademija je imala 43 člana (redovnih, dopisnih, počasnih i posthumnih), s tim da momentalnu strukturu članstva čine 22 redovna člana, 9 dopisnih, jedan počasni i 10 posthumnih članova (2024.).
Želimo istaći da sa samim činom osnivanja Akademije, 9. juna 2011. godine, nije izvršen izbor redovnih i dopisnih članova radnog sastava, ali je donesen Statut Akademije i izabrano je rukovodstvo i organi Bošnjačke akademije nauka i umjetnosti.
Za predsjednika Skupštine predložen je i izabran također Prof. dr. Ferid Muhić, a Senata BANU akademik Mustafa Cerić, dok je za generalnog sekretara izabran Muamer Zukorlić. Za predsjednika Nadzornog odbora izbran je prof. dr. Ismail Čekić, a za predsjednika Suda časti prof. dr. Omer Nakičević. Na spisku osnivača ove institucije nalazilo se dvadest i jedno ime, među kojima su bili i akademici ANUBiH-a Muhamed Filipović i Ejup Ganić, akademik Šerbo Rastoder član CANU, kao i akademik Mustafa Cerić član Jordanske akademije nauka.
Nakon nešto više od dvije godine pokušaja obezbijeđen je odgovarajući radni prostor u Sarajevu, koji je bio dostojan jedne nacionalne naučne institucije Bošnjaka. Prethodno imenovana Komisija matičara u sastavu: akademik Muhamed Filipović – predsjednik, akademik Mustafa Cerić – član i akademik Ejup Ganić – član, izvršila je analizu arhiviranih naučnih/umjetničkih biografija i bibliografija kandidata, osnivača BANU-a i donijela Odluke o verifikaciji članstva. S obzirom da su svi potrebni uvjeti bili zadovoljeni, 16. januara 2014. godine u Sarajevu, upriličena je svečana dodjela certifikata za dvadeset i jednog redovnog člana osnivača, i još jednog u međuvremenu pridruženog redovnog člana.
Izbori novih članova BANU-a održavaju se svake druge godine, ili po ukazanoj vanrednoj potrebi na osnovu odluke Predsjedništva. Članove Akademije bira Izborna skupština BANU-a tajnim glasanjem. Prema Statutu, prijedloge za izbor redovitih i dopisnih članova mogu podnositi: Odjeljenja za kandidate iz područja nauke i umjetnosti kojima se dotično odjeljenje bavi; tri člana Akademije od kojih je minimalno po jedan za kandidate iz područja nauke i umjetnosti kojima se predlagatelji bave; Senati univerziteta za područja nauke koja se njeguju na tom univerzitetu; izborna i nastavno-naučna vijeća fakulteta za područja nauke koja se njeguju na tom fakultetu; izborna i nastavno-umjetnička vijeća umjetničkih akademija za područja umjetnosti koja se njeguju na pojedinoj akademiji; naučna vijeća instituta registriranih u nadležnom federalnom ili državnom ministarstvu za područja nauke kojima se institut bavi te najviša tijela upravljanja naučnih društava i udruženja umjetnika iz zemlje i inostranstva. Kandidati su dužni, uz prijedloge naučnih vijeća instituta, dostaviti pismenu saglasnost o prihvataju eventualnog članstva u Akademiji. Na inicijativu Odjeljenja ili na vlastitu inicijativu, Predsjedništvo BANU-a predlaže Izbornoj skupštini Akademije izbor stranih članova, kao i za rang počasnog i posthumnog članstva.
Na osnovu rezultata glasanja u Odjeljenjima BANU-a podnosi se Izvještaj Predsjedništvu, a zatim Izbornoj skupštini Akademije u formi Liste kandidata koji su dobili podršku.
Prema Statutu Akademije, ukupan broj redovnih članova ograničen je na 33 člana što za sada predstavlja statutarni numerus clausus, pri čemu u taj broj nisu uključeni oni koji su stalno nastanjeni u inozemstvu i posthumni članovi. Svako Odjeljenje može imati do 7 redovnih članova i do 10 dopisnih članova u radnom sastavu. Ukupan broj redovnih i dopisnih članova ne može biti veći od broja utvrđenog Statutom. Članovi u svim kategorijama biraju se ili proglašavaju glasanjem na Izbornoj skupštini u kojoj se biraju novi članovi Akademije, a na temelju prijedloga Odjeljenja, analize stanja u Odjeljenjima i pregleda broja istaknutih naučnika i umjetnika unutar i izvan Akademije, Predsjedništvo odlučuje kojim će Odjeljenjima biti dodijeljeno proširenje članstva u rangu redovnih i dopisnih, kao i koliko će biti zastupljeno mjesta za eventualni reizbor, izbor u viši status, odnosno izbor novih članova. Na početku izbornog postupka u Akademiji formira se Komisija za praćenje i objavljivanje rezultata izbora.

