Statutom BANU-a osnivaju se odeljenja Bošnjačke akademije nauka i umetnosti za jednu ili više srodnih nauka i umjetnosti. Odjeljenja su glavni nositelji naučnog i umjetničkog djelovanja Akademije i njezinih članova. Bošnjačku akademiju nauka i umjetnosti čine sledeća odjeljenja:
• Odjeljenje za jezik i književnost
• Odjeljenje za historiju
• Odjeljenje za kulturologiju
• Odjeljenje društvenih nauka
• Odjeljenje za medicinskih nauka
• Odjeljenje za tradiciju Bošnjaka
Broj i nazivi odjeljenja mogu se mijenjati u skladu s razvojem pojedinih naučnih i umjetničkih područja i postignutim rezultatima u tim područjima. Odjeljenja Akademije organiziraju rad u području nauke i umjetnosti na temelju Programa rada BANU-a. U odjeljenjima se raspravlja o temeljnim pitanjima iz područja nauke i umjetnosti kojima se članovi Akademije bave općenito, te se donose odgovarajući zaključci. U okviru odjeljenja po potrebi se mogu formirati i druga radna tijela. Odjeljenja BANU čine svi članovi Akademije koji se bave naukom ili umjetnošću za koju je odjeljenje osnovano. Novoizabrani član postaje član odjeljenja u kojem je odlučeno o njegovom izboru. Ako se bavi odgovarajućom naukom ili umjetnošću, član BANU-a, bez obzira na svoj status može na vlastiti zahtjev sudjelovati bez prava odlučivanja u radu drugih odjeljenja uz njihovu suglasnost. Osnivanje novih odjeljenja te spajanje i ukidanje postojećih provodi Skupština BANU-a na obrazloženi prijedlog svoga Predsjedništva, koji ga podnosi na vlastitu inicijativu, ili na prijedlog jednog ili više odjeljenja ili na prijedlog najmanje pet redovnih članova Akademije. Odjeljenjima upravljaju rukovotitelji odjeljenja, a biraju se iz reda redovnih članova BANU-a glasanjem članova Predsjedništva.

